De ChristenUnie heeft de volgende partijstructuur:
Lokale afdelingen
De ChristenUnie is een politieke partij waarin verbanden en personen verenigd zijn. De lokale verbanden waarin ChristenUnie-leden samenwerken heten 'lokale afdelingen' (tot 1 januari 2016 werden het kiesverenigingen genoemd). ChristenUnie-leden zijn zowel lid van de landelijke partij als van de lokale afdeling.
De ChristenUnie is in gemeenten actief met zo'n 400 raadsleden, 80 wethouders, 10 burgemeesters en honderden vrijwilligers. De lokale afdelingen hebben een eigen verantwoordelijkheid om de doelstellingen van de ChristenUnie op lokaal niveau te realiseren.
Provinciale Unies
De provincie is de schakel tussen het gemeentebestuur en de rijksoverheid. De ChristenUnie is op provinciaal niveau georganiseerd in 12 Provinciale Unies. Dit zijn provinciale afdelingen die medeverantwoordelijk zijn voor de realisatie van de doelstellingen van de ChristenUnie in de betreffende provincie. En ook voor waterschappen waarvan de hoofdzetel zich in de betreffende provincie bevindt.
Voor de ChristenUnie zijn er rond de 30 vertegenwoordigers actief in de Provinciale Staten van ons land en daarnaast is de ChristenUnie in 7 provincies vertegenwoordigd in het bestuur. Verder is de ChristenUnie in diverse waterschappen vertegenwoordigd in een Algemeen Bestuur of Dagelijks Bestuur.
Partijcongres
Het partijcongres is de 'algemene vergadering' van de partij. Daar worden alle belangrijke besluiten genomen, zoals het vaststellen van verkiezingsprogamma's en kandidatenlijsten voor landelijke verkiezingen. Ieder lid van de ChristenUnie heeft spreek- en stemrecht op het congres. Naast individuele leden hebben ook de lokale afdelingen spreek- en stemrecht. Ook PerspectieF, de jongerenorganisatie van de ChristenUnie praat en stemt mee.
Landelijk Bestuur
De partij wordt bestuurd door het Landelijk Bestuur.
Partijbureau
Op het landelijk partijbureau in Amersfoort zitten de ondersteunende diensten van de ChristenUnie. Vanuit dit kantoor wordt er advies gegeven, het ledenmagazine gemaakt, de website beheerd en cursussen georganiseerd. Tevens verzorgt het bureau de financiële administratie en de ledenadministratie. Ook het Wetenschappelijk Instituut de Mr. G. Groen van Prinstererstichting, de Bestuurdersvereniging en PerspectieF, ChristenUnie-jongeren zijn gevestigd in het Partijbureau.
